日本データベース学会

dbjapanメーリングリストアーカイブ（2005年）

パスウェイＤＢ国際シンポジウム開催のご案内

日本データベース学会会員の皆様、

産総研 生命情報科学研究センターの福田です。

メーリングリストの皆様
(重複して受け取られた方におかれましては、ご容赦ください。)

下記の通り、semantic web for life scienceに関連するトピック
として、パスウェイ・データベースの国際シンポジウムを開催する
ことになりましたのでご案内いたします。

「パスウェイ」とは細胞の機能を実現する分子メカニズムを書き
下した知識のことで、ヘテロな構成要素からなり強く（ネットワ
ーク状に）構造化されている特徴があります。

このたび、パスウェイデータの標準フォーマット策定をすすめてい
るBioPAXの主要な研究者を中心としたシンポジウムを開催すること
となりました。
クリス・サンダー博士（米Memorial Sloan-Kettering Cancer Center）
によるキーノート・レクチャーや日米欧の代表的なパスウェイデー
タベースの各開発者による招待講演がございます。また、日本国内
やシステムズ・バイオロジー・コミュニティーからの招待講演もご
ざいますので、最新のパスウェイデータベースの世界的な動向をま
とめてきくことのできる絶好の機会となります。

９月２８日から参加登録の受付開始となりますので、みなさま
お誘いあわせの上どうか奮ってご参加ください。

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the 1st International BioPAX Symposium
--- Biological pathways: communication and analysis ---
パスウェイ・インフォマティクスの未来と可能性―新たな知識基盤の構築

　主　催　　： 
               科学技術振興機構 バイオインフォマティクス推進センター
               文科省科研費 特定領域研究「生命システム情報」総括班
               U.S. Department of Energy

　共　催　　： JSBi オントロジー研究会
               独）産総研 生命情報科学研究センター

　開催日　　： ２００５年１１月１８日

　開催場所　： 独）産業技術総合研究所 臨海副都心センター別館
                   バイオ・IT 融合研究棟　11 階
               新交通ゆりかもめ　テレコムセンター駅 下車徒歩 3 分
               東京臨海高速鉄道　東京テレポート駅 下車徒歩 15 分
               http://www.cbrc.jp/cbrc/map/index.ja.html

　講演言語　： 英語（同時通訳有り)

　参加費　　： 無料

　参加登録　： お座席や通訳機材の準備がございますので下記URL
               から事前参加登録をお願いいたします。(９月２８日より受付開始)
               http://www.biopax.org/japan_symposium

　講演者一覧：
     Alan Ruttenberg, Millennium Pharmaceuticals (PARIS)
     Christian Lemer, Free University of Brussels (aMAZE)
     Chris Sander, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
     Emek Demir and Ugur Dogrusoz, Bilkent University (PATIKA)
     Frank Schacherer, Biobase (Transpath)
     Gary Bader and Michael Cary, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (cPath, Cytoscape)
     Hiroshi Matsuno, Yamaguchi University (Genome Object Net)
     Imre Vastrik, EMBL-EBI (Reactome)
     Ken I. Fukuda, AIST (INOH)
     Masanori Arita, Tokyo University (ARM)
     Michael Hucka, Caltech (SBML)
     Nicolas Le Novere, EBI (BioModels DB)
     Susumu Goto, Kyoto University (KEGG)

　プログラム：
#(tentative)については講演題目の変更の可能性がございます。

9:30~9:40 Welcome/Introduction

1)9:40~10:10
BioPAX overview and applications (tentative)
          Gary Bader, Michael Cary, MSKCC.
2)10:10~10:40
BioPAX and aMAZE, comparison of two model for biological processes.
          Christian Lemer Free University of Brussels
3)10:40~11:10
the PATIKA Ontology, Modeling Language and Exchange Facilities.
          Emek Demir, Ugur Dogrusoz  Bilkent University

Break 11:10~11:20

4)11:20~11:50
Reactome - knowledgebase of biological processes
          Imre Vastrik EMBL-EBI
5)11:50~12:20
INOH database - pathway data and pathway Ontologies
          Ken I Fukuda CBRC, AIST

Lunch break 12:20~13:30

13:30~14:30   Keynote lecture 60 min
          Chris Sander, Director of the Computational Biology Center,
          Memorial Sloan-Kettering Cancer Center

6)14:30~15:00
Millennium Pharmaceuticals Pathway Database project (tentative)
          Alan Ruttenberg Millennium Pharmaceuticals
7)15:00~15:30
Representation of entities, interactions and pathways in the Transpath database
          Frank Schacherer, Biobase

Break 15:30~15:45

8)15:45~16:15
KEGG for integrating genomic and chemical information
          Susumu Goto Kyoto University
9)16:15~16:45
ARM Database for Interactive Metabolic Maps
          Masanori Arita Tokyo University
10)16:45~17:15
Pathway modeling and simulation on Petri net based formalization
          Hiroshi Matsuno Yamaguchi University

Break  17:15~17:30

11)17:30~18:00
SBML and Pathways (tentative)
          Michael Hucka Caltech
12)18:00~18:30
The BioModels DB (tentative)
          Nicolas Le Novere, EBI


○実行委員
高木利久, 東京大学
福田賢一郎, 産総研 生命情報科学研究センター
Chris Sander, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
Gary Bader, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center

　お問合せ　：
BioPAX国際シンポジウム実行委員会
          〒135-0064
          東京都江東区青海2-42
          産総研 生命情報科学研究センター
          Tel: 03-3599-8080 Fax: 03-3599-8081
          e-Mail:pathway_symposium [at] m.aist.go.jp


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Ken Ichiro Fukuda, Ph.D.
Computational Biology Research Center (CBRC)
National Institute of 
Advanced Industrial Science and Technology (AIST)
AIST Tokyo Waterfront Bio-IT Research Bldg. 10F
2-42 Aomi, Koutou-ku, Tokyo 135-0064 JAPAN
Phone: +81-3-3599-8049  FAX: +81-3-3599-8081
fukuda-cbrc [at] aist.go.jp / ken.i.fukuda [at] gmail.com / fukuda_cbrc [at] yahoo.co.jp
     - http://www.cbrc.jp/~fukuda/index.html
- INOH Pathway Database Project -
     - Integrating Network Objects with Hierarchies
     - http://www.inoh.org